Connections électriques pour la recharge solaire de deux batteries

Bonjour,
Ayant récemment remis à jour mon équipement électrique sur un petit lesté de régatte lacustre (essentiellement pour l'alimentation de pompes automatiques, speedo et feux) et n'étant pas expert, j'ai une question concernant le branchement électrique.

J'ai ajouté un régulateur de charge solaire permettant de recharger deux batteries (j'ai une petite batterie de secours au cas ou la première serait immergée). Selon les instructions d'installation, il faut impérativement connecter directement les pôles négatifs des deux batteries avec un câble de section min. 12mm2, car le pôles négatifs des batteries 1 et 2 sont mis directement en contact à l'intérieur du régulateur uniquement via la piste conductrice négative (je cite !).
Comme il y a une sortie du régulateur vers les consommateurs qui prélève uniquement à partir de la batterie 1, et permet d'éviter que celle-ci tombe en sous-tension. Du coup, j'ai installé un sélecteur/coupe-circuit (qui opère uniquement sur le pôle positif) qui permet d'alimenter les consommateurs soit via la sortie du régulateur (et donc batterie 1 en mode "contrôlé") ou via la batterie 2 (en direct). Des schémas en fonction de la postition du sélecteur sont joints ici.

Le fait est qu'avec la connexion directe des pôles négatifs entre les deux batteries, on se retrouve avec "une anode deux fois plus grande que la cathode". Je n'aurais pas pensé que cela ait pu poser une problème, jusqu'à constater après la réalisation de ce montage que lorsque je commute le sélecteur en postition 2, j'ai quelques sauts de courants (un bouton éclairé clignote quelques fois) avant de ne plus faire passer le courant du tout (par contre tous les fusibles sont ok...).

Est-ce que mon montage n'est pas correct ? Est-ce qu'il y aurait un moyen de régler ce problème ? Je dois dire que je pourrais soupçonner un mauvais contact dans le sélecteur aussi, mais j'ai des doutes...

Merci d'avance si quelqu'un a un tuyau à me passer ! Très bonne journée à vous.

Pierre